考虑在DAS和SAN之间架桥的人都必须面临两种技术的抉择：是选择成熟的但价格昂贵的FC（光纤通道）还是选择成本低廉但尚处于初期阶段的iSCSI（Internet SCSI ）传输。
如果仅从销售数字上来看，这几乎是一场一边倒的战争。IDC的数字显示，2004年iSCSI的全球销售额仅有1.13亿美元，还不到SAN市场76亿美元的2%，而后者差不多都是FC的天下。FC的这种支配地位保证了客户选择FC解决方案是毫无问题的。
然而在iSCSI这边，其部署的简单和低廉成本也是很诱人的优势。而且，把服务器连接到FC网络上需要安装一台昂贵的HBA及其驱动和管理程序，而连接到iSCSI网络则只需要一块千兆以太网卡而已。当然还需要一套iSCSI启动程序，但这个程序在很多平台中都是免费提供的。
FC的额外成本限制了其在低端的部署。在2.5万美元以下的服务器市场上，FC的使用率不到5%。但是这种成本差距正在缩小，因为像博科、Emulex和QLogic等厂商通过降低价格、简化管理、减少客户定制选件等办法已经把FC HBA和交换机引进了中小企业市场。事实上，目前一套FC HBA的预算已经和iSCSI HBA的预算相差不多了，因为现在使用后者的用户一般都要求标准的千兆以太网联接，还有提升性能的软件等，这些都增加了后者的成本。
用户偏爱FC的另一个重要因素是其名义传输率：2Gbps（很快会增加到4Gbps），而iSCSI的传输率只有1Gbps。这个速度差距对于端到端的连接来说意义不大，因为在此连接中，服务器和存储设备通常都是低速连接的。然而在存储光纤网络中，有多台交换机堆叠的情形中，这种速度差距的意义就很大了。
具有讽刺意味的是，尽管iSCSI的支持者经常宣称能够负担得起的未来的万兆以太网很快就会出现，但是直到目前为止，能够提供10Gbps连接的低成本产品却只有SANbox5200，是来自QLogic的FC交换机。
如果不考虑速率，iSCSI也肯定会在未来获得更多的关注，因为未来的部署有可能会大量集中在较小的数据中心。
iSCSI产品的数量增长极快，像EMC和惠普，还有EqualLogic、LeftHand网络和Sanrad都推出了很多新的解决方案。同时，像博科、思科和McDATA等交换机厂商也在大量生产iSCSI产品。
对很多企业来说，选择FC还是iSCSI已经简化成了人才的价格问题。招聘和培训FC专业人员的费用要比获得iSCSI专业支持的成本大得多，这是那些打算选择SAN的用户必须考虑的关键因素之一。不过这两方面的成本目前都在减少。假如已经有了FC人才，而FC硬件的价格又肯定会下降的话，大企业就没有理由拒绝FC这种高性能的、已相当成熟的技术。