Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包,它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效,在Windows中安装biopython非常简单,下载之后,双击然后一路点下一步就可以了。
在Linux中安装有多种方法,以Ubuntu(10.04)为例:
方法一:使用apt-get install方式安装
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令,可是这种方法安装的不是最新版本,很多新的功能不能用,非常不爽,不建议使用这种方法安装。
方法二:使用easy_install安装
(1)安装python-dev,不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
sudo apt-get install python-dev
(2)安装easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
(3)安装biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython (DIST/和biopython之间有个空格)
(4) 安装Numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy,现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install
还可以继续安装一些其它的dependencies,如flex,ReportLab等等,暂时不装,需要的时候再装也可以。
(4)改为
Download Numpy1.6.1 and unpack it; using the following commands:
wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz
tar -zxvf numpy-1.6.1.tar.gz
If the environment variable PYTHONPATH happens to be set, unset it (you may set it again after installing Numpy):
unset PYTHONPATH
The command that unpacks NumPy1.6.1 will have created a directory called "numpy1.6.1". Enter that directory and build the Numpy package with the help of the fortran compiler:
cd numpy-1.6.1/
python3.2 setup.py build --fcompiler=gnu95