一旦你曾经使用“键盘快捷键”程序(在“系统”-“首选项”里面)定义过自己的快捷键，你可能注意到它并没有使用Windows键(这个键在空格键的旁边，上面有一个Windows图标)。这是因为“键盘快捷键”程序把“Windows键”视为另外一个键，所以你无法使用这个键进行设置。
但是解决方法并不复杂。点击“系统”-“首选项”-“键盘”，当窗口出现以后切换到到“布局”标签。点击“布局选项”按钮会出现一个对话框，在对话框里面点击“Alt/Win键行为”旁边的小箭头，勾选“Super键映射到Windows键”，关闭所有窗口。
现在就可以使用Windows键组合其它键定义自己的快捷方式了。
譬如现在可以和Windows一样定义Win+E来打开Nautilus，打开gconf-editor，找到“/apps/metacity /keybinding_commands”，双击command_1项，在Value输入框里面输入“nautilus computer://”。然后继续在gconf-editor里面，找到“/apps/metaciy/global_keybindings”,双击 “run_command_1”项，在出现的对话框里面输入“e”。关闭gconf-editor，按下Win+E，一个 Nautilus就会立刻弹出。
gconf-editor可以定义12个这样的快捷方式，都可以在“/apps/metacity/keybinding_commands”和“/apps/metaciy/global_keybindings”里面定义。
尽管如此，还是有一些Win组合键无法使用。原因不明，但是一旦再加上Ctrl或者Alt等组合使用就可以工作了。
另外组合键还可以使用“上下左右”等方向键，譬如可以使用Windows+Cursor Left，也可以使用、、 、 和，另外Page UP、Page Down和Scroll Lock必须写成Page_UP、Page_Down和Scroll_Lock。